Saaristolääkärit on perustettu kevättalvella 2003. Ainutlaatuisuudestaan tunnettu lääkärivenepalvelu aloitti toimintansa 1.6.2003. Saaristolääkäreille myönnettiin myös innosuomi –kunniamaininta esimerkillisestä innovatiivisuudesta vuonna 2003. Nopeakulkuisella lääkäriveneellä tehdään kotikäyntejä päivittäin laajalla alueella Saaristomerta koko kesän ajan. Lääkärivenepalvelun tukena toimii päivittäin klo 10-20 palveleva lääkäripuhelin 0600 100 33, josta saa lääkärin puhelinneuvontaa ja voi tilata lääkärin kotikäynnille.
Keväällä 2005 Saaristolääkärit avasivat Paraisten keskustaan, täysin saneerattuihin tiloihin uuden lääkäriaseman, Paraisten Lääkärikeskuksen, joka tarjoaa yleis –ja erikoislääkäripalveluita, monipuolisia työterveyshuoltopalveluita sekä laboratorio –ja ultraäänitutkimuspalveluita. Lääkäriasemalta saa myös terveydenhoitajan ja sairaanhoitajan palveluita sekä rokotusklinikan rokotuspalveluita.
Saaristolääkäreiden Punkkibussi, liikkuva tbe-rokotusklinikka, aloitti toimintansa Lounais-Suomessa keväällä 2006, ja toimintaa laajennettiin pääkaupunkiseudulle keväällä 2007.
Kesän 2007 kynnyksellä Saaristolääkäreistä tuli rekisteröity tavaramerkki. Kesäkuussa 2007 Saaristolääkärit esittelivät uutuuden; entistä nopeamman ja merikelpoisemman Sailfish Lääkäriveneen. Uusi vene on jo kuluneen kesän aikana tehnyt mahdolliseksi lääkäriveneen toimialueen laajentamisen Nauvon eteläisen saaristovyöhykkeen ulkorajoille asti.
Kesä 2007 alkoi myös punkkitutkimuksen merkeissä; Saaristolääkärit Oy ja Helsingin Yliopiston virologian laitos aloittivat yhteistyössä tutkimusprojektin, jonka tarkoituksena on mm. selvittää puutiaisaivokuumeen levinneisyyttä Saaristomeren punkeissa. Tutkimusta johtaa virologian professori Antti Vaheri. Tutkimustuloksia on luvassa kevättalvella, jolloin myös julkistetaan jatkotutkimussuunnitelma.